大明皇家科学研究所，坐落在南京西郊，位于雨花台以南至将军山之郑这个位置选的甚妙，如果朱怡成拿着后世的地方比较的话就能发现，所选研究所的位置同后世的南京科技馆几乎重合。

名称虽只是研究所，但其占地极大，并且为保密，研究所筑着高高的围墙，还有精兵把守，从外表来看，几乎和个城没什么两样。

而在其内，更有不同的区域和建筑划分，从大的来看，分别有核心区域（主要是研究室、实验室、行政办公等等），工厂区（为进行实用和实验性质的各型工厂），生活区（供研究所人员平日住宿生活的区域）。除此之外，在研究所外，向西二十里的地方，还有一片划归研究所的荒地，这地方是用来进行一些必要的，具有危险性的实验所用，比如武器军械等等，这些东西的实验在研究所内危险性极大，而且有许多不控因素，所以再设置一个专门的外至区域是必不可少的。

研究所的当家缺然是刚刚归京的黄履庄，为了保证研究所的独立性，朱怡成前些新设了一个机构，这机构名为工科司，工科司主官为工科使，正四品官衔。黄履庄也从工部主事直接调任工科使，同时也升了官。

从六品主事直接升任四品，黄履庄等于升了四级，这也算是对于他在宁波工作成绩的表彰。至于工科司，直属于朝廷，同时独立于六部以外，由皇室和军机处直接统属。

整个研究所如今拥有科研人员一百三十人，这些人中有的是从工部抽调的，也有的是从宁波工房迁移过来的，还有些是从民间推荐录用的。除了这些科研人员外，另外还有三百六十饶警卫部队，这支部队装备精良，忠诚可靠，骨干由锦衣卫组成，以确保这里的安全和保密工作。

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